Jugoszlávia felbomlása után:
Vukovar-i népirtás (1991) áldozatainak temetője Európa legnagyobb tömegsírja a II. világháború óta. Jugoszlávia felbomlása során Horvátország 1991-ben kiáltotta ki függetlenségét, amelyet azonban a majdnem öt évig tartó véres horvátországi háború követett.
Horvátországnak azokon a területein, amelyeken a Habsburg Birodalom idején katonai határőrvidék létezett, az egykori osztrák telepítési politika következtében, a szerbek többségben voltak a horvátokkal szemben, és ezeken a vidékeken nem voltak hajlandóak elismerni Horvátország függetlenségét, hanem egy sajátos szerb szakadár államot hoztak létre, az úgynevezett Szerb Krajina Köztársaságot, amelyet azonban rajtuk kívül senki sem ismert el valódi államnak.
Az 1995. évi horvát hadműveletek (Villám és Vihar) következményeként a háború befejeződött, a Szerb Krajina területe pedig újra Horvátországhoz tartozik. Ám a ''Vihar'' hadművelet alatt a horvát katonák ENSZ felmérések szerint körülbelül 2000 civilt öltek meg. 1992 és 1995 között a horvát katonai erők Bosznia-Hercegovinában is harcoltak.
Az 1995-ben fel nem szabadított területeket (Kelet-Szlavónia egyes részei és a Horvátországhoz tartozó Dél-Baranya) az [[ENSZ]] ellenőrzése alatt integrálták újra Horvátországba. Ez a folyamat 1998-ban fejeződött be, s ettől kezdve Horvátország teljes területe fölött szuverenitást gyakorol. 2005-ben Horvátország hivatalosan is megkezdte csatlakozási tárgyalásait az Európai Unióval. Albániával együtt 2009. április 1-jén a NATO teljes jogú tagja lett.